Hudební oddělení NK patří mezi největší pracoviště svého druhu v České republice. O jeho založení bylo rozhodnuto bezprostředně po vzniku Československé republiky 1918. Svou činnost od počátku (1923), nejdříve pod vedením svého zakladatele, filologa a skladatele Ladislava Vycpálka zaměřuje k shromažďování, doplňování, zpracování a systematickému zpřístupňování fondu hudebnin, publikací o hudbě a dalších speciálních materiálů, se zvláštním zřetelem k materiálům bohemikálního charakteru. V roce 1965 bylo zahájeno budování Souborného hudebního katalogu se zaměřením na informace o historických hudebních pramenech v České republice.