Ochranné reformátování musí vytvářet komplexní systém postavený na promyšlené strategii, jinak ztrácí svůj ochranný účel a vytváří pouhé kopie pro osobní potřebu. Strategie ochranného reformátování vychází ze stavu knihovní sbírky a jejího určení, ze stavu jednotlivých dokumentů, jejich výpůjční frekvence, významu a kulturní hodnoty, a především ze stupně celkového poškození. Na základě analýzy těchto faktorů stanovuje priority v postupu reformátování jednotlivých dokumentů, volí odpovídající technologii reformátování (elektrografické kopírování, mikrofilmování, přímou digitalizaci, hybridní metodu reformátování – digitalizaci mikromédií) a způsob archivace.

Zhruba od poloviny čtyřicátých let dvacátého století se k ochrannému reformátování využívá technologie mikrofilmování.

Pro mikrofilmování byly používány filmy ORWO DK 5, později ORWO MA 8, pro zhotovování uživatelských pozitivních kopií film FOMA Kinopozitiv, zpočátku perforované, později neperforované. Snímkování se provádělo na kamerách DOKUMATOR DA 4, později DOKUMATOR DA 5, straším typu RECORDAKU a novější kameře RECORDAK MRD 2. Vyvolávání filmů bylo ruční, později pomocí přístrojů MEOLAB.

Ochranné mikrofilmování musí být aplikováno jako ucelený systém, od výběru titulu až po vhodné zpřístupnění uživatelského mikrofilmu funkčními čtecími přístroji , nebo papírovými kopiemi ze zpětně zvětšujícího přístroje. Základem filozofie ochranného mikrofilmování je dodržení systému tří generací,  který chrání originál před opakovaným mikrofilmováním a možným poškozením.

Funkčnost technologie ochranného mikrofilmování do značné míry závisí na kvalitě zhotovených mikrofilmů a na jejich formálním vybavení. Dokumenty, které je třeba mikrofilmovat, jsou vzhledem k pokročilé degradaci papíru a stavu opotřebení nestandardní předlohou pro mikrografické zpracování. Zachování čitelnosti poškozených dokumentů je podmíněno dokonale prověřenou technologickou složkou procesu mikrofilmování. a zkušenou obsluhu.

V případě následné digitalizace mikrofilmu se zvyšují nároky na jeho kvalitu. Celý svitek mikrofilmu by měl mít vyrovnanou denzitu pozadí (D^max), což je vzhledem k velkým rozdílům zabarvení papíru i na jediné stránce velmi obtížné. D^max by neměla přesahovat mezní hodnoty dané možnostmi skeneru.

Strategický základ procesu ochranného mikrofilmování představuje kritérium výběru dokumentů k mikrofilmování a priority snímání.

Pro mikrofilmování se přednostně vybírají dokumenty poškozené chemickou degradací papíru a nadměrným využíváním (zejména noviny) a vzácné či historické materiály (především rukopisy). Přihlíží se k historické, kulturní, estetické a informační hodnotě, dále ke stupni křehnutí papíru), ke čtenářskému využití a k celkové devastaci dokumentu.

Část kapacity pracoviště ochranného reformátování NK ČR je věnováno pro mikrofilmování regionálních a oborových periodik paměťových institucí (knihoven, muzeí, archivů) v rámci Národního programu ochranného reformátování. Výběr titulů koordinuje Pracovní skupina ochranného reformátování CASLIN.

Zároveň je žádoucí konzultovat další zákroky a opravy materiálu s odborníky z oddělení konzervace a restaurování. Na tuto fázi pak navazuje systém ochranných obalů.

V první fázi přípravy dokumentů pro mikrofilmování se vybírá a kompletuje určený titul za pomoci všech dostupných exemplářů s ohledem na dosažení maximální úplnosti a stav dochovaných exemplářů. Na prvních obrazových polích mikrofilmu se snímkují technické předlohy (identifikační, bibliografická a obsahová) usnadňující orientaci uživatele v dokumentu. Uváděné informace se získávají velmi podrobným průzkumem, při kterém se zjišťují všechny změny podstatných knihopisných údajů, dále chyby a nepravidelnosti ve vydání a chybějící části dokumentu, které se nepodařilo dohledat.

V této fázi přípravy se vytváří podklad pro metadata vyplněním papírového formuláře, do kterého se zaznamenávají všechny potřebné údaje pro každou stranu dokumentu – tato činnost napomáhá kontrole úplnosti mikrofilmovaného dokumentu, a umožňuje následnou digitalizaci mikrofilmu při tzv. hybridní technologii.

Mikrofilm (pozitivní kopie) je na závěr zpracován v systému MARC 21, což umožní začlenění informace o mikromédiu do soustavy automatizovaných knihovních katalogů a zpřístupnění uživatelské kopie čtenáři prostřednictvím informačního systému knihovny.

Je-li dokument zkompletován a připraven pro mikrofilmování, provádí se snímkování na mikrografických kamerách v tomto pořadí: nejprve předepsané technické předlohy, poté zkušební obrazce sloužící pro vyhodnocování kvality, a potom vlastní dokument. Pro snímkování se používají speciální mikrografické jemnozrnné 35mm filmy v délce 30,5m, které mohou obsahovat až 600 polí se dvěma stranami dokumentu (celkem až 1200 stran). Kvalita výsledného produktu závisí zejména na úrovni expozice a vyvolání. Vyvolávací automaty musí svou konstrukcí umožnit nejen správné nastavení provozních parametrů, aby bylo možné dosáhnout optimálních optických vlastností, ale musí také garantovat dokonalé chemické zpracování citlivé vrstvy, které je důležité pro dlouhodobou chemickou stabilitu filmu.

Při zhotovení mikrofilmu by měl být fotograf-laborant seznámen s mezinárodní normou ISO 4087:1991(E) a souvisejícími technickými doporučeními, a těmito ustanoveními by se měl při snímkování originálu řídit. Knihovník, který dílo k mikrofilmování předává, by měl být s normativními materiály rovněž alespoň rámcově obeznámen - informují také o povinném a praktickém formálním vybavení.

Obraz pořízený na mikrografické kameře má velmi dobré rozlišení, mikrofilm je mnohonásobně trvanlivější než strojem čitelné dokumenty, je méně závislý na stále upgradovaném technickém vybavení (v případě nezbytí je možno přečíst mikrofilm pouhou lupou, a přístroje na jeho výrobu mohou být funkční a kompatibilní po léta bez ohledu na další vývoj v oboru).

Mikrofilm nabízí způsob, jak zachránit obsažené informace pro budoucnost. Přenos původního pramene na mikromédium sice plně nezastoupí přímý kontakt s listovou předlohou a omezuje informace o její celkové podobě, zato však přesně zaznamenává obsahovou a formální složku. Podle doporučení ISO by měly být všechny materiály s horizontem platnosti nad padesát let převedeny na mikrofilm.

Uživatelské mikrofilmy NK ČR zpřístupňuje ve studovně periodik, studovně společenských a přírodních věd a ve studovně vědeckých pracovníků, kde jsou uživatelům k dispozici vhodné typy čtecích přístrojů. Zvětšeniny z mikrofilmů si může uživatel nechat zhotovit prostřednictvím služby ve studovně v oddělení mikrografických služeb.

Mikrofilmované dokumenty, zejména noviny a časopisy, jsou vyřazeny z běžného půjčování. Z katalogizačního záznamu je uživatel informován o dostupnosti pouze mikrofilmu. Mikrofilmované svazky ve skladišti jsou označeny, aby pracovníci skladiště neexpedovali omylem originální dokumenty. Nejvíce poškozené svazky jsou postupně ukládány v ochranných obalech.