Součástí muzea bývala též tzv. "Tychonova síň", ve které se uchovávaly přístroje a jiné vzácné relikvie z pozůstalosti Tychona Brahe či podle něho nazvané. K nejvzácnějším patřily jeho sextanty z dílny Josta Burgiho či sluneční hodiny, úhloměr a kružítko z produkce Erasma Habermela.
Co se ze sbírek Matematického muzea dochovalo v Klementinu? Odpovědět lze lapidárně třemi slovy: hodiny, glóby a knihy. Podívejme se však na ně trochu blíže.
K nejzajímavějším bezesporu patří tzv. "Kleinovy hodiny", dnes souhrnně označované jménem svého stvořitele. Sestrojil je mechanik a astronom, jezuita Jan Klein (1684-1762), který v letech 1723-1732 působil v Matematickém muzeu jako adjunkt a poté jako jeho správce. Dodnes se k těmto hodinám dochovaly tištěné návrhy od Josefa Steplinga v publikaci "Exercitationes geometricoanalyticae de... descriptio automati planetarii, 1751". Některé z  těchto hodin popsal ve své publikaci "Beschreibung der berü hmten Uhr und Kunstwerke am Altstä dter Radhauze und auf der Konigl. Sternwarte zu Prag, 1791" astronom Antonín Strnad,

Tychonova síň