Při očistě knihovního fondu v místě jeho uložení se používají pouze vysavače s protiprachovými filtry pro výstup vzduchu a kartáčové nástavce s výškou vlasové části minimálně 20 mm.Knihy se postupně šetrně vyjímají z polic a čistí tímto způsobem:
vysavačem opatřeným kartáčovým nástavcem se vysají všechny plochy – nejdříve na horní ořízce, pak z boku, na spodní ořízce a nakonec vrchní a spodní desky. Na kartáčový nástavec se netlačí, aby se knihy mechanicky nepoškozovaly. Takto očištěné plochy knihy se následně dočistí lehkým přítlakem houby Purus – vygumují se. Lze použít i různé druhy plastických gum, které jsou běžně k dostání v prodejnách restaurátorských potřeb. Úložná police, vyklizená od čištěných knih, se očistí vysavačem, kovová omyje vodním roztokem saponátu, s následným omytím hadrem namočeným v čisté vodě a nechá se dokonale vyschnout. Individuálně očištěné knihy se ukládají šetrným způsobem na očištěnou polici. Vyjmutí z police a uložení knih zpět na polici se provádí šetrným uchopením za střed hřbet knihy, nedovoluje se vyjmutí za horní část hřbetu – tzv. vyklopení. Ukládání knih zpět je nut- né provádět tak, aby knihy byly uloženy v původním sledu. Nedovoluje se přeházení svazků. Knihy se ukládají do polic tak, aby šly volně vyjímat a nedocházelo k oděru vazeb. Knihy se nesmí vychylovat od svislého směru uložení. Nedovoluje se pohazování s knihami, pokládání na plochy se zaschlým saponátem ani jakékoliv jiné nešetrné zacházení. Provede se vysátí a vytření podlahy vlhkým hadrem namočeným ve vlažném vodním roztoku se saponátem.

Upozornění: Na knihách není pouze prach a jiné nečistoty. Mohou se zde vyskytovat i zbytky plísní, které představují možné zdravotní riziko pro pracovníky provádějící očistu. Doporučujeme provádět očistu v digestořích, na pracovním stole se zavedeným odsáváním nebo ve speciálně k tomuto účelu konstruovaných boxech.
V Centrálním depozitáři v Hostivaři jsou vybaveny 2 místnosti na očistu kontaminovaného fondu a 1 místnost na očistu fondu nekontaminovaného. Na vybavených specializovaných pracovištích lze provádět i náročnější způsoby očisty knihovních dokumentů.