NK ČR v  současné době uchovává knihovní fondy ve skladištích v hlavní budově v Klementinu, v Centrálním depozitáři v Hostivaři a v depozitáři v Neratovicích. Ostatní objekty a budovy jsou pro skladování knihovních fondů naprosto nevhodné (Nučice, Postoloprty). Výstavbou depozitáře v Hostivaři byla v r. 1995 vytvořena prostorová rezerva na 10 až 15 let. Tato rezerva se naplňuje nerovnoměrně a v  r. 2012 budou veškeré prostory pro skladování fondů zcela zaplněny.
V Klementinu jsou uloženy historické fondy, výpůjční exemplář české literatury 19. a 20. stol., nejnovější vrstva zahraniční literatury a periodik a některé specializované sbírky (hudebniny, knihovnická literatura, fondy Slovanské knihovny). Vesměs se jedná o nejvíce využívané fondy. V Klementinu je záměrně menší prostorová rezerva, protože některé části fondů (např. zahraniční literatura) jsou postupně stěhovány do Centrálního depozitáře v Hostivaři. Stávající prostorová rezerva, která je v Klementinu k dispozici, se zaplní novými přírůstky fondů mezi lety 2003 až 2005.
V Centrálním depozitáři NK v Hostivaři je uložen povinný výtisk (NKF), malá část historických fondů a především málo žádaná literatura z výpůjčního fondu (UKF), což jsou straší cizojazyčné publikace a periodika. Prostorové rezervy v depozitáři budou naplněny mezi lety 2008 až 2012. Aby bylo možno řešit otázku uchovávání knihovních fondů v dalších letech, potřebuje NK ČR získat do r. 2008 další skladovací kapacity pro cca 5 mil. svazků, a to v Klementinu pro 2 až 3 mil. a stejný objem v  Centrálním depozitáři v Hostivaři. Tyto nové skladovací kapacity by vytvořily prostorovou rezervu cca do r. 2050. Pokud by se např. realizovala pouze dostavba Centrálního depozitáře, znamenalo by to přemístit část velmi žádaných fondů na okraj Prahy, kam by museli dojíždět i uživatelé.
Problémem však nejsou jen prostory pro skladování fondů, ale také prostředí, ve kterém se fondy uchovávají. V Centrálním depozitáři byly vytvořeny zatím relativně nejpříznivější podmínky. V Klementinu je ale třeba prostory pro skladování knihovních fondů upravit. Velká část skladišť nemá potřebné parametry, protože se jedná o horní patro budovy a půdy, které nebyly dostatečně izolovány. Skladiště nejsou vybavena zařízením kontrolujícím a upravujícím mikroklima na předepsané parametry, chybí základní protipožární a zabezpečovací systémy včetně samozhášecích. Ve skladištích není mechanizace používaná pro obsluhu skladišť (kompaktní regály, telelift, paternostery a pod.).

Zásadní rekonstrukci potřebují i trezory pro historické fondy a skladiště starých tisků. Především je třeba zabezpečit přirozenou cirkulaci vzduchu včetně filtrace a jeho úprav (odvlhčování, zvlhčování a dohřívání).
Po r. 2003 se projeví první příznaky nedostatku prostoru. Některé větší signatury bude nutné ukládat na několika místech, což komplikuje expedici, část velmi žádané literatury bude třeba přemístit do Centrálního depozitáře v Hostivaři, což urychlí naplnění prostorových rezerv také v tomto skladišti. Bude sílit tlak na využití nevhodných prostor, kde nejsou knihy chráněny proti dramatickým teplotním a vlhkostním výkyvům, a kde hrozí napadení plísněmi, hlodavci atd. Po r. 2005 bude nutné ukládat některé části fondů provizorně mimo regály (do přepravek, na hromady a pod.), což bude znamenat jejich znepřístupnění uživatelům. Od r. 2008 nebude moci NK ČR zpřístupnit kompletně celý přírůstek domácí literatury a od r. 2012 nebude možné standardně uložit ani přírůstek Národního konzervačního fondu.