Dnem 1. 1. 2001 nabyla účinnosti řada zákonů a legislativních předpisů, podle kterých je řízeno a vedeno finanční hospodaření NK jako státní příspěvkové organizace v resortu Ministerstva kultury ČR. Některé předpisy byly v průběhu roku novelizovány, na změny reagoval zřizovatel úpravou schváleného rozpočtu.

Rozpis schváleného rozpočtu na rok 2001 obdržela NK od zřizovatele dne 22. 1. 2001. Rozpočet obsahoval příspěvek na provoz 148 890 tis. Kč, z toho závazky vůči státnímu rozpočtu (odvody z příjmů z pronájmu nemovitého státního majetku) 11 970 tis. Kč a vlastní výnosy NK ve výši 12 305 tis. Kč. Odvod příjmů z pronájmu byl zároveň ve stejném objemu zohledněn v příspěvku na provoz. Investiční dotace poskytnuta nebyla.

Výnosy NK k 31. 12. 2001 jsou zaúčtovány v objemu 228 523 832,87 Kč.
Z toho tvoří přidělené neinvestiční dotace 91,7 %, vlastní výnosy NK 8,2 % a mimorozpočtové prostředky (dary) 0,1 %.

Náklady na hlavní činnost k 31. 12. 2001 dosáhly objemu 245 883 166,05 Kč.
Z toho představují věcné náklady 61 % a osobní náklady (mzdové náklady, zákonné sociální pojištění a sociální náklady) 39 %. V oblasti ostatních nákladů připadá největší část na vyrovnání se s restitučním nárokem a náhradu nákladů řízení, celkem 2 703 075,60 Kč.

Hospodářský výsledek (ztráta) činí k 31. 12. 2001 16 665 553,89 Kč. Je tvořen zhoršeným hospodářským výsledkem (dále ZHV) hlavní činnosti v objemu 17 359 333,18 Kč a ziskem v jiné (hospodářské) činnosti 693 779,29 Kč. Náklady na hlavní činnost dosáhly 245 883 166,05 Kč, výnosy z hlavní činnosti včetně všech poskytnutých neinvestičních dotací a mimorozpočtových prostředků 228 523 832,87 Kč. ZHV hlavní činnosti ovlivňují především odpisy dlouhodobého majetku ve výši 28 041 562,05 Kč, které jsou rozpočtem kryty pouze v objemu 10 683 000,00 Kč. Neprofinancované odpisy v objemu 17 358 562,05 Kč není NK schopna krýt z vlastních zdrojů (zvýšené výnosy nebo úspora nákladů) a ani z rozpočtu zřizovatele není možné již po dobu několika let tyto prostředky pro NK vyčlenit. Důsledkem této každoročně se opakující situace je finanční dluh v nena-plnění fondu reprodukce majetku, který je jedním z hlavních zdrojů obnovy stavebního a technického vybavení NK. Tím fyzicky i morálně zaostává vybavenost pracovišť. Rozdíl mezi stavem účetním a stavem bankovního investičního účtu představuje dluh ve výši téměř 101 000 tis. Kč. V roce 2001 byl zařazován do užívání dlouhodobý hmotný a nehmotný majetek pořízený převážně z účelových investičních dotací Ministerstva kultury na různé projekty a programy. Technická zhodnocení provedená v roce 2001 v objektu Klementina z vlastních zdrojů NK se neodepisují, neboť objekt je nemovitou národní kulturní památkou.

Vykázaný ZHV je ve srovnání s rokem 2000 a 1999 příznivější, ztráta je nižší. Díky účelovým neinvestičním dotacím poskytnutým na projekty z programu Veřejné informační služby knihoven (VISK) byly některé náklady NK finančně původně plánované ze schváleného rozpočtu hrazeny po poskytnutí účelové dotace na VISK z těchto projektů. Věcně toto odpovídá náplni projektů a smlouvám o poskytnutí dotací. Náklady na hlavní činnost uspořené zmíněnými opatřeními byly přesunuty na finanční zajištění odpisů a tím i snížení ztráty. Finanční zapojení prostředků z fondů taktéž přispělo ke snížení ztráty.