Národní knihovna ČR se ocitá ve svém sídle Klementinu, které je národní kulturní památkou, v současné době na hranici svých možností. Neustále se zhoršuje 1) stavebně technický stav areálu, 2) kapacita a technické podmínky uložení knihovních fondů, 3) podmínky pro služby uživatelům.

V návaznosti na předpokládanou výstavbu nové budovy Národní technické knihovny (NTK) schválila Vláda ČR v roce 2001 návrh koncepce využití uvolněných prostor Státní technické knihovny (STK) v Klementinu a záměr Klementinum rekonstruovat. Ministru kultury uložila zajistit dokončení předprojektových a průzkumných prací souvisejících s výše uvedeným záměrem včetně projednání s představiteli hl. města Prahy a vlastníky budov v sousedství Klementina, zjistit možnost a podmínky získání uvedených budov pro potřeby rozvoje Národní knihovny a na základě výsledků projednání uvážit výslednou variantu a předložit Ministerstvu financí ČR návrh investičního záměru.

Pro zpracování investičního záměru a ověření finančních nákladů, které bude třeba na celkovou rekonstrukci vynaložit, a pro přípravu zadání a vypsání veřejné architektonické soutěže na celkovou rekonstrukci Klementina bylo nutno dokončit druhou etapu průzkumných a předprojektových prací.

Archeologický průzkum v roce 2001 doplnil výsledky průzkumu z  roku 1997 a potvrdil reálnost původního záměru, tj. nezbytného rozšíření prostor areálu a vytvoření základních podmínek pro zpracování zadání stavby. Dále byl proveden, zejména v podzemí, orientační průzkum zdiva z hlediska vlhkosti. Z vyhodnocení stavu zdiva objektu vyplývá, že v části podzemí bylo zjištěno vysoké zavlhčení zdiva a havarijní stav, tj. postupná destrukce omítek a částečně i zdiva – ve větší části podzemí je střední zavlhčení. Z hlediska posouzení vhodnosti vytipovaných prostor pro uložení knihovních fondů bylo provedeno měření mikroklimatu a hodnocení jejich stavebně technického stavu. Bylo provedeno zaměření stávajícího stavu Klementina a části objektu Liliová 5, s převedením do digitální podoby.

Národní knihovna ve spolupráci s odborným dodavatelem zpracovala návrh investičního záměru, který splnil požadované parametry a byl v termínu odevzdán Ministerstvu kultury a následně Ministerstvu financí k odsouhlasení. Protože však došlo ke skluzu v přípravě novostavby NTK a nejasnostem, které se týkají variant řešení investičního záměru, byla požádána vláda ČR o odklad projednání rekonstrukce Klementina.

Z investičního záměru vyplývá, že v současném objemu obestavěného prostoru nelze zajistit některé rozhodující činnosti. Chybí zejména plochy pro uložení předpokládaného nárůstu knihovního fondu, další nutné plochy pro uživatele (víceúčelový sál, šatny, hala služeb) a nezbytné technické, parkovací a komunikační plochy. Proto také byla posuzována vhodnost využití některého z palácových objektů v okolí Klementina, který by byl odkoupen a rekonstruován pro účely Národní knihovny. Po prověření okolních nemovitostí byl Ministerstvem kultury doporučen, ale posléze jako nevhodný vyhodnocen Clam-Gallasův palác – zejména pro jeho dispoziční řešení a odlišné záměry vlastníka nemovitosti. Naopak Trauttmannsdorfský palác, který je v bezprostřední blízkosti areálu Klementina (sousedí přes Seminářskou ulici), má přijatelné dispoziční řešení a mohl by tak být (po dokončení jeho rekonstrukce) velmi výhodně a účelně pro knihovnu využit. Východní křídlo Klementina (dnes STK) bylo pro svou autonomii a relativní samostatnost předběžně doporučeno využít pro Slovanskou knihovnu.