V roce 2002 se dále zhoršoval stav areálu Klementina, docházelo k různým haváriím, zejména rozvodů médií, a často tak byl narušován provoz knihovny. Pokračovaly opravy střešních krytin a fasád, které jsou v kritickém stavu, tentokrát v části hlavního nádvoří Klementina a části objektu v Liliové ulici. Tyto práce byly přerušeny tragickou událostí v podobě pětisetleté povodně.

Pokračovala snaha o realizaci záměru dalšího rozvoje Národní knihovny včetně rekonstrukce Klementina. Vzhledem k nejasnostem finančního zajištění výstavby Národní technické knihovny byl předseda vlády ČR požádán o odklad plnění úkolu “Návrh nového harmonogramu prací na rozvoji Národní knihovny ČR a prací na výstavbě nové budovy Národní technické knihovny”. Dokončení rekonstrukce Klementina je přitom ale mj. podmíněno i vystěhováním částí, které užívá Státní technická knihovna – činí přes 4 tisíce m2, což je cca 20 % celkové užitné plochy.

Nepodařilo se vyřešit ani další naléhavé problémy související s rozvojem Národní knihovny – zejména získání pozemků v Centrálním depozitáři v Hostivaři, na které byl uplatněn restituční nárok a které jsou nezbytné pro dostavbu depozitáře, a zakoupení Trauttmannsdorfského paláce. Přitom jak dostavba depozitáře, tak získání paláce se s ohledem na přepokládané odsunutí termínu rekonstrukce Klementina staly velmi akutními.